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Dal 1991, in occasione della mutazione della denominazione, il Comando degli Stabilimenti Militari di pena diventato Comando Organizzazione Penitenziaria Militare (O.P.M.), viene trasferito nella Città di Sulmona (AQ), la cui sede verrà definitivamente trasferita in S. Maria Capua Vetere (CE) in data 22.1.2007.
In un primo tempo l'Ente comprendeva:
n. 01 Comando in Sulmona (AQ);
n. 03 Carceri Militari in Peschiera del Garda (VR), Roma e S. Maria Capua Vetere (CE);
n. 05 Sezioni Quadro di Carcere Militare in Torino, Padova, Cagliari, Bari e Palermo con funzione di custodia cautelare;
n. 01 Reparto operativo (57° Battaglione Fanteria "ABRUZZI") in Sulmona (AQ) con la duplice funzione di addestrare i vigilatori e custodi delle carceri e di supporto logistico allo stesso Comando O.P.M..
In seguito alle riforme della Forza Armata l'Ente ha subito forti riduzioni della proprio organigramma: disposta la chiusura delle quattro Sezioni Quadro a metà degli anni '90, lo Stato Maggiore dell'Esercito, su ottemperanza del relativo decreto ministeriale ha ordinato che dal 20 Giugno 2000 il Carcere Militare di Peschiera del Garda venisse ridotto a Sezione Quadro.