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Con l'Unità d'Italia, si procede ad una nuova riforma della struttura carceraria militare mediante la costituzione, nel 1873 (anno in cui venne sciolta la Compagnia dei Moschettieri), in Roma del Comando degli Stabilimenti Militari di pena, avente funzione di direzione di tutti i distaccamenti della Reclusione Militare sparsi per tutto il Territorio Nazionale.
L'aggregazione dei detenuti alle singole strutture carcerarie veniva stabilita in base al tipo di reato commesso:
ai reclusorii venivano ristretti i condannati a pene superiori ai due anni;
alle compagnie di reclusi venivano ristretti i condannati a pene sino ai due anni;
alle compagnie di carcerati venivano ristretti i condannati per reati minori;
alle compagnie di disciplina speciali venivano ristretti i condan nati che avevano terminato l'espiazione di pene;
alle compagnie di disciplina di punizione venivano ristretti i militari incorsi in mancanze disciplinari di rilievo.
Gli eventi bellici portano, nel Settembre del 1943, alla sospensione dell'attività del Comando degli Stabilimenti Militari di pena ed al conferimento dell'autonomia di ciascuna Carcere Militare.