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Alla fine del XX secolo, le esigenze della detenzione militare erano -
n. 01 Comando con sede in Sulmona (AQ);
01 Battaglione addestrativo, con sede in Sulmona (AQ), incaricato di formare il personale destinato a compiti di vigilanza detenuti e con funzioni di di supporto logistico allo stesso Comando O.P.M.;
n. 02 carceri militari attive in Roma (Forte Boccea) ed in S. Maria Capua Vetere (CE);
n. 03 Sezioni Quadro di Carcere Militare in Peschiera del Garda (VR), Cagliari e Palermo.
Quest'organigramma, destinato ad ulteriori moddifiche, apparve ancora pletorico e non in grado di risentire dell'avvenuto cambiamento delle esigenze legate alla reclusione militare avvenute in seguito:
alla Sent. 358/1993 con cui la Corte Costituzionale si è pronunciata a favore della sottrazione degli obiettori di coscienza dalla giurisdizione della Magistratura Militare;
al fatto che le tipologie dei reati dei militari detenuti nelle carceri militari (mancanza alla chiamata e diserzione) sono quasi esclusivamente connesse con il servizio di leva non più obbligatorio.
Dal 2001 al 2005, con la complessiva riorganizzazione delle strutture militari, fu soppressa la Sezione Quadro di Carcere Militare in Peschiera del Garda (VR), nonché il carcere di Forte Boccea in Roma.
Nel Libro Bianco sulla Difesa del 2002, il Ministro si è soffermato sulle problematiche connesse alla Giustizia Militare ribadendo la finalità della Reclusione Militare: "Le carceri militari sono istituzionalmente preposte alla custodia di detenuti militari per reati militari […] che, conservando lo stato giuridico militare, continuano ad essere soggetti a leggi (penali) e regolamenti (disciplinari) propri di tale stato, sotto la giurisdizione della Magistratura militare, e ricevono un trattamento rieducativo-
In tale quadro, é apparsa necessaria una riorganizzazione dell'Ente che, a far data dal 22 Dicembre 2007, è stato razionalizzato:
individuando un'unica sede -
analizzando una differente modalità di reclutamento del personale di vigilanza e custodia da impiegare nelle carceri militari che al momento è essenzialmente tratto da quello in servizio di leva;
rendendo possibile la detenzione militare femminile (da prevedersi in seguito all'introduzione del reclutamento femminile);
riformando l'attuale quadro normativo penitenziario militare risalente, in gran parte, al periodo precostituzionale;
spostando la struttura a livello di Stato Maggiore della Difesa con evidente riduzione delle spese in capo all'Esercito, trattandosi di una Reclusione Militare tout-