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Come si evinceva dallo Stemma Araldico del Corpo della Giustizia Militare, i Tribunali Militari -
Gli Ufficiali con funzioni giudicanti vengono estratti a sorte, e rimangono in carica per soli due mesi: tale scelta dovrebbe rendere il collegio giudicante sempre più autonomo ed indipendente da qualunque influenza del potere esecutivo.
In un processo di adeguamento della procedura penale militare a quella penale ordinaria, è stato, infine prevista la possibilità di esperire il ricorso per Cassazione avverso sentenze emesse dagli organi giudiziari militari.
A tal proposito, presso la Suprema Corte è stato costituito un autonomo ufficio di pubblica accusa: la Procura Generale Militare presso la Corte di Cassazione.
Ulteriori profili di autonomia gestionale della Giustizia Militare sono stati dati con L. 561/88 che ha istituito un organo amministrativo di autogoverno, il Consiglio della Magistratura Militare -
Istituito con la L. 561/88, il Consiglio della Magistratura Militare è l'organo di autogoverno della Magistratura militare, avendo per i magistrati militari le attribuzioni che il Consiglio Superiore della Magistratura ha per i giudici civili.
In particolare, il Consiglio della Magistratura Militare, provvede in materia di assunzioni, assegnazioni, trasferimenti, promozioni, procedimenti disciplinari e su ogni altro aspetto inerente lo stato giuridico dei magistrati militari, nonché sul conferimento di incarichi extragiudiziali e su ogni altra materia ad esso attribuita dalla legge.